تعنى وكالة كلية الطب للتطوير والجودة بالتخطيط والإشراف والقيادة على جهود التطوير وضمان الجودة وتطبيقاتها، بما يحقق متطلبات الاعتماد والتقويم الأكاديمي في العملية التعليمية داخل الأقسام الأكاديمية، ويعزز كفاءة العمل الإداري وفق أعلى معايير الجودة. كما تتولى الوكالة متابعة الأداء وتطويره في مختلف المجالات، وترسيخ ثقافة الجودة وتحسينها بصورة مستمرة.  
وتحرص الوكالة على تحديث وتطوير برامج كلية الطب، والارتقاء بمستوى مخرجات التعلم وقياسها بآليات واضحة ومؤشرات أداء دقيقة، وذلك بالتنسيق مع وكالة الكلية للشؤون الأكاديمية، بما يضمن تحقيق رؤية الكلية للتميز والريادة في التعليم الطبي والبحث العلمي وخدمة المجتمع.