قسم الباطنة يعتبر من أكبر الأقسام الإكلينيكية بكلية الطب ومستشفى الملك خالد الجامعي و المدينة الطبية الجامعية. يحتوي القسم على عشر وحدات أساسية. 

تقوم كل وحدة من الوحدات بالإشراف على عيادات استشارية في مجال تخصصها ومتابعة المرضى المنومين بالإضافة الى تدريب أطباء الامتياز على دورات متتابعة، ايضاً يقوم الاستشاريين في كل وحدة بعمل الفحوص التشخيصية المناظير الباطنية والصدرية واختبارات اضطراب النوم والتنفس والوظائف الكهربائية للمخ وقياسات وظائف الأعصاب والغسيل الكلوي وغيرها عندما تتطلب الحالة. يضم القسم ما يزيد عن 50 استشاري و استشارية و أكاديمي، و ما يزيد عن مئة طبيبة و طبيب متدربين في برامج التدريب السبعة عشر التي يشرف عليها القسم.